El Departamento de Certificación de Aeronaves lleva a cabo la gestión y ejecución de los programas de investigación y desarrollo dentro del campo de la certificación aeronáutica, así como las labores que le corresponden como OTC (Oficina Técnica Competente) acordes con el RAD (Reglamento de Aeronavegabilidad de la Defensa), dando soporte tanto a las Fuerzas Armadas como a la Industria Nacional e Internacional que lo requiera.